为进一步加强新兴交叉学科建设的发展战略，北京交通大学环境学院在原市政与环境工程系、交通能源与环境研究院基础上组建成立。作为学校应用新兴交叉学科的主力军之一，环境学院紧紧围绕生态文明建设、环境污染防治、“双碳”目标、“交通强国”战略等国家重大需求，立足学校交通特色，形成“工业水处理与综合利用”“水健康循环与安全保障”“固废资源化回收与利用”“人居环境污染与质量改善”“大气污染综合防治”“双碳智慧管理”等六个学科方向，以及国际化办学和“全员导师制”培养模式，为复合型拔尖创新人才的培养和学校高质量发展提供重要支持。
       北京交通大学环境学院，源起于1956年设立的电厂化学专业，1998年获得环境工程硕士招生权，2001年开始招收环境工程本科生，2004年获批环境科学硕士学位点，2005年获批环境科学与工程一级硕士学位点，2010年开始招收市政工程博士研究生，2013年开始招收资源与环境专业硕士，2016年开始与英国兰卡斯特大学合作开办国际环境工程本科班，2021年获批交通能源与环境工程交叉学科博士点，2022年环境工程(智慧环境与低碳技术）获批国家级一流本科专业建设点。
      环境学院于2003年建成环境工程教学实验平台，2011年成立“中美碳捕获联合研究中心”，2012年成立“国际有毒有害物质联合研究中心北京交通大学分中心”，2015年获批建设“水中典型污染物控制与水质保障”北京市重点实验室，2019年获批建设“抗生素/抗性基因水环境污染控制技术”北京市国际科技合作基地，2022年获批建设“智能交通绿色低碳”教育部工程中心。
       近五年教师主持或承担多项国家级、省部级项目，其中国家重点研发计划首席科学家任福民教授主持“建筑垃圾精准管控与示范”国家重点研发计划项目；国家重点研发计划首席科学家姚宏教授主持北京卓越青年科学家项目，主持国家重点研发计划项目“畜禽养殖污染物资源化利用及低碳低成本协同治理技术”以及自然基金委联合基金重点支持项目；国家重点研发计划首席科学家彭林教授主持国家重点研发计划项目“汾渭平原复杂山地污染传输机制与协同治理技术示范”，主持国家自然委基金重点项目；彭林和闫雨龙教授分别主持大气污染防治攻关专项“PM2.5与臭氧协同防控’一市一策’跟踪研究”总理基金专项；王锦教授主持“川藏铁路工程全生命周期资源环境成本及绿色效益研究”国家重点研发计划重点专项课题；荣获华夏建设科技进步奖一等奖，环保科技奖一等奖、中国发明协会发明创业奖等多项省部级奖项。